Der Markt Mühlhausen ist eine der ältesten Siedlungen im Tal der Reichen Ebrach. Es wird vermutet, daß sein Gotteshaus Sankt Kilian und Maria zu den vierzehn Slavenkirchen gehört, die von den Würzburger Bischöfen um das Jahr 800 im Auftrag Karls des Großen errichtet wurden. Erste urkundliche Erwähnung 1008 unter dem Namen 'Mulinhusun'.

Unter dem Schutz der Freiherrn von und zu Egloffstein bestand jahrhundertelang eine jüdische Gemeinde. Noch heute wird dies durch den noch bestehenden jüdischen Friedhof dokumentiert. 1856 wurde die Bedeutung von Mühlhausen durch die Verleihung des Marktrechtes hervorgehoben.

In den sechziger Jahren setzte eine rege Siedlungstätigkeit ein, für die mehrere Bebauungspläne aufgestellt wurden.

Bei der Landschulreform im Jahre 1969 wurden die vorhandenen Schulen Mühlhausen und Umgebung zu einer Verbandschule zusammengeschlossen. In die Gemeinde Mühlhausen, die zur Zeit knapp 1700 Einwohner zählt, wurde im Zuge der Gebietsreform die Ortschaft Schirnsdorf eingegliedert.

In Mühlhausen herrschten neben den bäuerlichen Betrieben Handwerk und Gewerbe vor, mit einer stärkeren Wohnfunktion, während die Außenorte noch mehr von der Landwirtschaft geprägt sind.

Freilandmuseum Bad Windsheim (Link)

In der Baugruppe Frankenhöhe-Steigerwald-Maingebiet im Westen des Museumsgeländes entstand die Untergruppe "Bierbrauen in Franken" mit drei Gebäuden:

Je ein Gebäude aus Schlüsselfeld und Kraisdorf (Kreis Haßberge), sowie ein Gebäude aus Mühlhausen, das früher am Marktplatz unserer Gemeinde stand.

Das Gasthaus aus Mühlhausen, Landkreis Erlangen-Höchstadt, wurde 1518 erbaut, 1572, 1728 und im 18. Jahrhundert mehrmals umgebaut. An seinem alten Standort gehörte es zu einer eigenen Brauerei und dient als kleine Bierwirtschaft. Heute kann dort das im Museum gebraute Bier probiert werden.